Escala 12x36 - Alteração Temporária

Olá, 

Alguém consegue me ajudar nessa situação abaixo, por favor?

Minha dúvida é referente à jornada realizada por um funcionário.

O colaborador trabalhou no período de 05/06 a 04/07 em jornada de 8 horas diárias, todos os dias, para realizar a cobertura das férias de outro funcionário. Posteriormente, de 05/07 a 20/07, permaneceu trabalhando em jornada de 8 horas diárias em razão da reforma na portaria.
A partir de 21/07, retornou à sua escala habitual de trabalho no regime 12x36.
Diante dessa situação, minha principal preocupação é em relação aos dias em que o funcionário trabalhou e que, pela escala original 12x36, seriam considerados dias de folga.
Nesse caso, o procedimento correto seria formalizar que essa alteração de jornada ocorreu de forma temporária, indicando o período e os motivos da mudança, além de realizar a apuração dos valores devidos, incluindo eventuais DSRs? Como fica nesse caso, poderiam me orientar?