Eu não conheço o programa do site, mas com relação seus questionamentos, quando se diz salário base, seja em que ocasião for, está sempre se falando do salario contratual bruto registrado em carteira pelo qual o empregado foi contratado; Em qualquer tipo de rerscisão, seja em formulário ou eletronica, existe os campos exclusivos, tanto para férias vencidas como para as férias proporcionais, inclusive para o terço constitucional, portanto, não tem como errar os campos; com relação as horas extras, você vai cálcular a média dos últimos 12 meses, isso ja deve estar anotado em seus controles, porque na rescisão, só vai colocar os resultado desses cálculos das horas.
Vamos aos exemplos para facilitar a compreensão:
Digamos que o salário base seja de R$ 400,00 e a medias das horas tenha resultado em R$ 100,00, num total de R$ 500,00:
Cálculos das férias vencidas + 1/3
500/3=166,67, então temos:
Ferias = 500,00
+ 1/3 = 166,67 Total 666,67
Cálculo das Férias proporcionais, digamos que seja de jan a maio:
500/12 = 41,67 * 5 = 208,35 /3 = 69,45, então temos:
Ferias Proporcionais = 208,35
+ 1/3 69,45 Total 277,80
Se não era isso que você queria desculpe, mas espero ter ajudado.