Caso a Empresa não seja optante pelo Simples Nacional, ela terá que pagar a parte patronal do INSS 20% + adicionais que variam de 1% a 3% (RAT e FAP), podendo ainda, recolher a parte de terceiros (percentual variável). Nisso, ela pagaria o INSS da empresa e dos funcionários que depende do salário recolhido.
Já para a empresa do Simples Nacional, os encargos de INSS recolhidos, serão os valores descontados dos funcionários (dependendo do salário, sofre variação de 8%, 9% e 11%)
Essa sistemática é referente ao INSS, pois as obrigações de FGTS e demais benefícios referentes a função(periculosidade, insalubridade, etc...) todas as empresas fazem o pagamento.
Espero ter ajudado