Ana Carolina, bom dia!
Sim, vai ser com o certificado da Contabilidade mesmo, mas para isso é preciso primeiro: Cadastre a Empresa no Empregador web na opção 'sem certificado', quando receber a senha e login pelo email informado nesse cadastro você entra no empregador web pelo mesmo acesso sem certificado, faz uma procuração que tem lá dentro mesmo, e junta tanto os doc's da Empresa e sócios quanto da Contabilidade e dos sócios juntamente com essa procuração devidamente assinada pelo responsável da Empresa (que é o mesmo que assinou a responsabilidade do certificado) reconhecida firma pelo cartório e leve até um posto de atendimento do Ministério do trabalho, entregue a eles que lá vai ser feito o cadastro no sistema para que você possa acessar de seu escritório, eles pedem cerca de 72 horas para liberar este acesso; e você acompanha tentando entrar pelo certificado do escritório (que deve estar cadastrado já) com login e senha do mesmo, e lá se o MTE já tiver entrado com os dados já vai aparecer o nome da empresa numa lista abaixo, daí você clica no nome da empresa que quer trabalhar e pronto, emite o requerimento através da importação ou cadastrando manualmente mesmo.