No seu caso, vai ficar com um sócio só, ai o antigo como passará a ser funcionário, regido pela CLT, só poderá ser sócio novamente se for mandado embora da empresa.
Jamais um sócio pode ser funcionário de uma mesma empresa.
O antigo sócio não é obrigado a voltar. Você pode colocar outra pessoa, mas não pode passar de 180 dias, se não a sociedade é dada como extinta, como diz § IV do Art. 1.033
Se o antigo sócio for voltar depois, não compensa fazer a alteração,pois ai a empresa terá gastos desnecessários, FGTS rescisório, férias, 13° etc, é melhor colocar outra pessoa como novo sócio.
Cristiane, nessa questão trabalhista não tenho certeza, sei que auxilio maternidade o sócio tem direito, agora no mérito do auxilio doença, não sei lhe informar. A aposentadoria depende da sua retirada de pró-labore, quanto maior, maior o recolhimento do INSS e maior será sua aposentadoria no cálculo final.
Att