Bom dia
Apenas acrescentando a informação do Fabio, você pode informar o nr do seu NIS na hora de fazer o e-CPF para poder informar as informações da SEFIP, pois se não tiver o nr. do NIS, o sistema não permite o envio das informações do FGTS/INSS.
Leide Lane, caso um cliente não tenha o e-CNPJ , pode fazer uma procuração (procuração padrão da receita) que você encontra no site da receita federal , onde tem a opção dos serviços a serem prestados, normalmente informo todos os serviços que estão listados nesta procuração, onde seu cliente assina com firma reconhecida e leva na receita federal e, com isso você acessa todas as informações do seu cliente através do seu e-CPF.