Boa tarde Islaine, seguem respostas (no meu ponto de vista) as suas perguntas:
1) Você pode optar pelo RET que inclusive alterou, suas alíquotas, em 2020 conforme Lei 13.980/2019. A alíquota passou e 1% para 4%, ou seja, 4% do faturado (recebido em caixa) - distratos + rendimentos financeiros. Para isso deve-se abrir um CNPJ filial que seria o da obra afetada.
Caso não queira afetar, o ideal seria fazer um estudo tributário, pois as vezes é melhor está no Lucro Real (a depender da margem de lucro orçada).
2) alíquotas no lucro real - PIS 0,65%, COFINS 3% (apesar de ser lucro real, construtoras são excessão a regra geral, ou seja, pis e cofins cumulativos)...CSLL 9% (do LAIR) , IRPJ 15% (do LAIR) e o adicional.
Alíquota de presunção - Lucro Presumido - 8% para IRPJ e 12% para CSLL...pis e cofins 0,65% e 3%.
3) a desoneração, para construtoras, a alíquota é 4,5% do faturamento (lembrando, que uma vez feito, só poderá mudar em janeiro do ano subsequente). Talvez essa forma de tributação só vá existir até o final de 2020 (o atual governo não vem mostrando interesse em renovar a desoneração).
4) Sugiro que a contabilidade seja feita pelo método POC, reconhecimento de custos e receitas pela evolução física da obra. Apesar de ser o método de competência da construção, a base de cálculo da tributação se dar através do que entrou em caixa.
Boa sorte...espero ter ajudado.