Sr. Francisco, boa tarde.
Não sou a pessoa mais indicada para lhe responder ao assunto, porém já passei por uma situação similar.
Neste caso, primeiramente há que se verificar se o atestado se refere ao mesmo problema que ocasionou o afastamento.
Sendo o mesmo problema, o novo atestado não se aplicaria. Fica valendo a perícia do INSS, que você deve retê-la como documento hábil, haja vista que a legislação prevê afastamento de 15 dias, que presumo, já terem sido concedidos antes do afastamento pelo INSS.
No meu caso, a Indústria encaminhou o funcionário ao médico do trabalho, que também não reconheceu incapacidade e informamos ao funcionário que, por não existir base para continuar afastado, caso o fizesse por mais de 30 dias, se concretizaria base para abandono de emprego e, em não se afastando os 30 dias, os dias em que ele não comparecesse seriam descontados, porém, como falta justificada.
Algo que pode ser feito é encaminhá-lo a uma nova consulta mesmo com outro médico por indicação da própria Empresa.
Se este outro médico avaliar que ele realmente não tem capacidade laborativa, ele deve entrar com um recurso junto ao INSS para nova avaliação, encaminhando o parecer desse médico.
Após isso, continuando o parecer do INSS como "capacidade laborativa" normal, devendo retornar ao trabalho na data tal, você está resguardado. Informar na Sefip a data de "retorno" normalmente, já que seria a obrigação do mesmo.
O fato de ele não retornar é outra situação.
Entretanto, o que recomendo é já buscar alguma orientação jurídica específica para o caso, porque é algo que certamente lhe trará maiores problemas.
Att
Robson Nunes