Cáudia Fernandes,
Boa tarde!
Quanto às obrigações, depende.
Se esta empresa optante pelo Simples Nacional está enquadrada como MEI, terá a obrigação de entregar a Declaração Anual do Simples Nacional (DASN SIMEI) e efetuar o pagamento dos DAS com valor fixo mensal. Quanto às Prefeituras é necessário verificar se cobram a taxa anual para localização e funcionamento (aqui no estado de SP geralmente chamada de TLF) para empresas enquadradas como MEI. Se a empresa de serviço for emitir notas como MEI tem que ter o cadastro junto à Prefeitura para poder emití-las.
O que o Portal do Empreendedor diz sobre o alvará de funcionamento:
"(...)
Após os 180 dias utilizando o alvará provisório, o Microempreendedor Individual - EI obterá o alvará definitivo automaticamente ou precisa ir a Prefeitura?
Após o prazo de 180 dias, não havendo manifestação da Prefeitura Municipal quanto à correção do endereço onde está estabelecido o MEI e quanto à possibilidade de exercer a atividade empresarial no local desejado, o Termo de Ciência e Responsabilidade com Efeito de Alvará de Licença e Funcionamento Provisório se converterá automaticamente em Alvará de Funcionamento."
Além disso vale observar que, se o MEI possui um (e apenas um, pois acima disso tem que desenquadrar) empregado (o qual não pode receber mais do que o salário mínimo ou o piso para a categoria, caso contrário também desenquadra), terá a obrigação de informar mensalmente a SEFIP, recolher a GPS e o FGTS. Não pode se esquecer também de entregar a RAIS caso tenha empregado.
Lembrando que a formalização e a primeira declaração não podem ser cobradas do MEI.
Vale também orientar seus clientes que, caso sejam contratados no regime da CLT e queiram abrir um MEI, perderão o benefício do seguro-desemprego, pois considera-se que quem possui uma MEI possui uma fonte de renda, mesmo que efetivamente não tenha nenhum movimento na empresa.
Existem também os impostos que não são abrangidos pelo DAS, como a substituição tributária, entre outros.
Já no caso de estar enquadrada como ME ou EPP, além da obrigatoriedade de ter um contador ou uma contabilidade terceirizada vinculado(a) com CRC ativo, tem mais algumas obrigações, como informar mensalmente o PGDAS-D e anualmente a STDA, além do DEFIS. Para este caso vale também se atentar também para os impostos que não estão inclusos no DAS.
Note que o CRC do contador pessoa física (em SP começando com 1SP...) pode ser utilizado apenas se ele for funcionário dessa empresa e, caso a contabilidade seja terceirizada, há a necessidade de se utilizar o CRC de empresa (2SP...), sendo necessário recolher junto ao CRC a anuidade para este tipo de registro.
Como o Paulo Henrique comentou acima, não existe mais o contador autônomo, o qual poderia abrir um CEI e pagar a anuidade como escritório individual. A Resolução CFC N.º 1.456/2013 extinguiu essa categoria.
Espero ter ajudado.
Bases legais e consultas: http://www18.receita.fazenda.gov.br/Legislacao/AtosExecutivos/2009/CODAC/ADCodac049.htm
http://www.portaltributario.com.br/artigos/mei-impostos-nao-abrangidos.htm
http://www.portaldoempreendedor.gov.br/perguntas-frequentes/duvidas-relacionadas-ao-microempreendedor-individual/alvara-inscricoes-estaduais-e-municipais