GFIP de Produtor Rural Pessoa Física enviada com CNPJ e não com CEI - Como Corrigir?

Olá caros colegas, estou precisando de uma ajuda.
Aqui no escritório temos um produtor rural pessoa física com CNPJ (estado de SP) e desde 05/2019, por não ter conhecimento, vinha entregando a GFIP na inscrição do CNPJ, mas o correto era ter entregado na CEI.
Agora, o funcionário que estava registrado foi feito rescisão. Ele já sacou FGTS, recebeu todas as verbas rescisórias, etc. Porém, ao tentarmos enviar o desligamento dele no esocial para comunicar na CTPS digital do mesmo, deparamos com esse erro cometido. Fizemos a inscrição do CAEPF e parametrizamos o esocial da maneira correta, mas agora no extrato do CNIS do funcionário têm dois "vínculos" existentes, um pelo CNPJ e outro pelo CAEPF. O "vínculo" do CNPJ traz os valores de INSS que foram recolhidos, como também a data de admissão mas não a de demissão, e o "vínculo" do CAEPF só está trazendo data de admissão e de demissão, sem as informações previdenciárias. 
Fui dar uma lida no manual da SEFIP para ver como podemos corrigir, e no item 10.2.2 traz a informação de que se o erro for em um dos elementos que compõe a chave da GFIP/SEFIP é necessário fazer a exclusão da mesma. 
Minha dúvida é se realmente esse é o procedimento correto a ser feito. E caso seja, depois de enviarmos a exclusão como enviamos as novas informações da GFIP/SEFIP com o número da CEI? Mandamos no Mod.9? E na CAIXA, como faço a alteração de CNPJ para CEI?
Lembrando que FGTS, INSS já está tudo recolhido, inclusive o funcionário já sacou o FGTS.
Desde já, agradeço pela atenção dos colegas!

Estou com o mesmo problema, porém nem a admissão eu consegui enviar para o esocial. Porém as SEFPI's foram enviadas com CNPJ.

Estou com o mesmo problema. 

Alguém conseguiu encontrar uma solução?