O afastamento do empregado em decorrência dos encargos do serviço militar não será motivo para a rescisão do contrato de trabalho por parte do empregador, de acordo com o Art. 472 da CLT.
Quando ocorre a incorporação ao serviço militar, não há pagamento de salário pelo empregador, devendo ser computado como tempo de serviço o período em que o empregado estiver afastado prestando serviço militar para efeito de indenização e estabilidade, sendo devidos os depósitos do FGTS - parágrafo único do art. 4º da CLT e § 5º do art. 15 da Lei nº 8.036/90), ficando assim caracterizada a interrupção do contrato de trabalho.Após se verificar a baixa no serviço militar, o empregado terá o prazo máximo de 30 (trinta) dias para notificar ao empregador, através de telegrama ou carta registrada, do interesse
em voltar a exercer o cargo do qual se afastou, sob pena de rescisão do contrato de trabalho por culpa do mesmo. O convocado para o serviço militar que se engajar perde o direito ao retorno à função na empresa.
Segundo o artigo 132 da CLT, o tempo de trabalho anterior à apresentação do empregado para serviço militar obrigatório será computado no período aquisitivo, desde que ele compareça ao estabelecimento dentro de 90 dias da data em que se verificar a respectiva baixa.
Segundo o artigo 1º, § 2º da Lei nº 4.090/1962 a fração igual ou superior a 15 dias de trabalho será havida como mês integral para cômputo de 1/12 (um doze avos) da remuneração devida para fins de décimo terceiro. Portanto, como o empregado não está laborando no período do afastamento, não fará jus aos avos de décimo terceiro deste período de prestação de serviço militar, mas cabe salientar que isso não significa dizer que o empregado perderá o direito já adquirido em razão de ter sido convocado para prestar o serviço militar obrigatório.